Awal berdirinya SD Muhammadiyah 6 Palembang, didirikannya PGA Muhammadiyah tahun 1956, dan pada tahun 1961 diganti menjadi SL (Sekolah Latihan) Muhammadiyah. Setelah itu mengalami beberapa kali pergantian Kepala Sekolah. Barulah pada tahun 1978 SLM menjadi SD Muhammadiyah 6 Palembang.

Berikut ini adalah nama-nama kepala sekolah yang pernah menjabat di SD Muhammadiyah 6 Palembang :

1. Bapak Amir Dini (alm) tahun 1966.
2. Bapak Ibrahim Jafar (alm) dari tahun 1966-1976.
3. Bapak Hayatuddin (alm) dari tahun 1976-1981.
4. Ibu Hj. Darmin Arifin dari tahun 1982-1992.
5. Bapak Syamsul Bahri, S.Ag. dari tahun 1994-1997.
6. Ibu Hj. Sofiah Marsik dari tahun 1998-2001
7. Bapak Nafitarahman, S.Pd. dari tahun 2001-2009.
8. Bapak Lansri Indra Jaya dari tahun 2009-2011.
9. Ibu Mardiana Sari, S.Pd. dari tahun 2011-2015.
10. Humaro, S.Pd. dari tahun 2015 sampai sekarang